Die Spitzenverbände der Freien Wohlfahrtspflege arbeiten innerhalb der BAGFW auf verschiedenen Ebenen zusammen. Zum 01.01.2007 wurde die Facharbeit auf eine neue Grundlage gestellt. Die strategische Arbeit obliegt dem Vorstand, in den neu eingerichteten Kommissionen wird die fachliche Auseinandersetzung geführt. Mit der neuen Struktur ist die Erwartung verbunden, die Freie Wohlfahrtspflege zu stärken und die Zusammenarbeit der Verbände zu unterstützen. Die Zusammenarbeit innerhalb der Kommissionen ist in der Kommissionsordnung detailliert geregelt.